Depuis sa création en 1996, le CDAQ gère différents fonds qui lui sont confiés par Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) ou le ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation du Québec (MAPAQ). Pour atteindre les objectifs fixés par ces fonds, le CDAQ met en place des programmes destinés au secteur de la production agricole québécoise.

Programmes actuellement actifs:

Programmes terminés:

• Développement de l'agriculture dans les régions touchées par l'abandon de l'ATCF (1996-1999)
• Programme agroenvironnemental (1998-2002)
• Amélioration de la capacité concurrentielle (1997-2005)
• Recherche appliquée, innovation et transfert (1997-2005)
• Programme Environnement (2001-2005)
• Soutien à l'organisation des services-conseils (2000-2006)
• Programme d'atténuation des gaz à effet de serre (2004-2006)
• Programme de couverture végétale du Canada (2005-2008)/(transition : 2008-2009)
• Programme d'approvisionnement en eau Canada-Québec (2005-2008)/(transition : 2008-2009)
• Mesure spéciale de l'effarouchement des oies (2004-2008)/(transition : 2008-2009)Plan d'accompagnement agroenvironnemental (2004-2008)/(transition : 2008-2009)Initiative de biosécurité à la ferme (2006-2008)
• Initiative des marchés de biocarburants pour les producteurs (2006-2009)
• Planification agroenvironnementale équivalente (2007-2008)/(transition : 2008-2009)
• Défi-Solution (2004-2009)
• Plan d'accompagnement agroenvironnemental (2009-2010)

  PRIME-VERT (sous-volet 8.4) - Évaluation, information et sensibilisation en matière de technologies et de pratiques agricoles de réduction des émissions de gaz à effet de serre (2009-2010)

• PRIME-VERT (sous-volet 10.3) - Projets collectifs de gestion de l'eau par bassin versant en milieu agricole (2009-2010)
• PRIME-VERT (sous-volet 11.1) - Appui à la stratégie phytosanitaire québécoise (2009-2010)
• Programme de biosécurité et de stabilisation sanitaire des entreprises porcines du Québec (2010)
• CULTIVONS L'AVENIR - Appui à la commercialisation d'innovation agricole (2010-2013)
• CULTIVONS L'AVENIR - Programme d’appui à la mise en œuvre de systèmes de biosécurité à la ferme (2009-2013)
• CULTIVONS L'AVENIR - Programme d’appui à l’implantation des systèmes de salubrité alimentaire à la ferme (2009-2013)
• CULTIVONS L'AVENIR - Mesure spéciale d'effarouchement des oies (2009-2013)